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黄色在木化石中分布均匀，里、外一致，与原始木质相关，只不过黄色木化石常见。

像是黄色的硅化木，还有另一种，由于Fe2O3的黄色矿物相的浸染作用，使木化石呈显黄色，这种黄色是不均一的，有浅深之分。

还有一种少见的是褐色的硅化木，这是受Fe2O3的褐色矿物相浸染，使木化石呈显褐色。

在木化石中整体呈褐色者少见，大多数呈斑块状、花斑状或一团团的分布。

最后就是绿色的硅化木，这是受CuC03浸染，使木化石呈显绿色。

孔雀石呈薄膜状附着于木化石表面及裂隙中，在木化石中常成片分布，也呈斑块状、花斑状出现。

硅化木的品种很多，分布也十分广泛，几乎我国哪个省份都能见到一些。

只不过，曾有报导一种“玛瑙木化石”，这在自然界是不存在的，在成因上大相径庭。

当结晶致密细腻的玉髓木化石，被后期氧化铁质浸染，有时氧化铁质浸染依附于年轮展布，外貌酷似玛瑙，将这种具有玉石质地的木化石，可称为“玛瑙状木化石”。

玛瑙状石英玉髓木化石有红色、褐红色、浅褐黄色、乳白色、墨黑色、灰色。

亦有几种颜色混合，或有规律分布。

由于硅化作用强烈，木质纤维细胞结构残存极少。

有的局部可见环状年轮、细胞的形貌，抛光后细腻光润，玉石感极强。

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